细胞编程教程（细胞编程技术）

ImageJ实用教程——细胞内荧光点计数(案例分析篇)

在Results窗口中，每一行代表一个细胞的测量结果，其中RawIntDen列即为该细胞中荧光点的个数。总结 本文详细介绍了如何使用ImageJ软件进行细胞内荧光点的计数。通过细胞分割、荧光点分割、将荧光点转化为单独的点、将每个点的值设为1以及测量每个细胞中荧光点的个数等步骤，我们可以准确地得到每个细胞中荧光点的数量信息。

在ImageJ中对细胞内荧光点进行计数的实用教程如下：细胞分割：确保在之前的细胞分割步骤中，已经得到了二值化的图像，并且勾选了Add to Manager，从而确保每个细胞整体的ROI得以准确获得。

步骤一：通过Image - AdjUST - Threshold进行二值化分割，类似于细胞的处理方式，直接通过设定阈值，即可获得荧光点的二值化图像。步骤二：在二值化图像的基础上，使用Process - Find maxima功能，将荧光点转化为单独的点，确保每个点仅包含一个像素。

首先，将需要分析的荧光共标细胞图像导入ImageJ。颜色阈值分割（适用于双标明显的情况）：如果双标细胞在图像中非常明显，可以直接使用Color Threshold工具进行分割。例如，如果双标细胞呈现黄色，可以通过设置颜色阈值来圈选出黄色的细胞。

利用ImageJ进行自动细胞计数的工作流程自动细胞计数打开图像 使用ImageJ打开想要处理的图像（File-Open，或者将图片直接拖动到菜单栏）。以一张Dapi免疫荧光染色照片为例，目标是自动对DAPI染色的细胞核进行计数，得到细胞核的总数。将图像转为8-bit rgb格式的荧光图片需要转换为8-bit图像。

并根据细胞大小进行筛选，去除假阳性。通过自动细胞计数流程，即可得到双标记细胞的总数。值得注意的是，单通道细胞分割的准确性直接影响双标记细胞计数结果，应尽量减少假阳性。如需任何ImageJ使用疑问，欢迎通过私信或邮件联系（zhaoyc9@16com），或关注本专栏获得更多教程。

FlowJo分析细胞周期,教程详解!

进入新界面：在FlowJo中进入新的分析界面。圈定single cells：在该界面中，通过适当的圈门策略，圈定出单个细胞群体，排除碎片和聚集体。进行细胞周期分析：选择cell cycle功能：在主界面中，右键点击已圈定的单个细胞群体，选择“cell cycle”功能进行分析。

首先，安装FlowJo X软件在电脑上。导入需要分析的流式周期fcs文件，通常通过点击图标进行操作。打开文件，调整X轴（FSC-A）和Y轴（SSC-A），确保线性轴设置正确。选择圈门方式，圈定合适的细胞群体。进入新界面，圈定单个细胞（single cells）。在主界面，右键单个细胞，选择cell cycle功能。

如果是PI单色流式分析细胞周期，应该如下几个步骤：第一，在FSC-A/SSC-A散点图上划出细胞门，排除细胞碎片和大的团块。第二，把第一步得到的细胞群在SSC-W/SSC-H散点图上划出单细胞门，特点是SSC-W比较窄。第三，把第二步得到的单细胞在FSC-W/FSC-H散点图划出更进一步的单细胞门。

数据分析细胞周期数据分析：使用流式细胞仪配套的软件（如ModFit LT等）对收集的数据进行分析。软件会根据DNA含量的荧光强度，将细胞分为G1期、S期和G2/M期，并计算出各期细胞所占的百分比。细胞凋亡数据分析：使用流式细胞仪配套的软件（如FlowJo等）进行分析。

一文读懂!流式细胞术画门与电压调整简易教程

参数设置：在CytExpert软件中，选择参数设置选项。根据实验需求，设置合适的参数，如荧光通道、激光功率等。电压调节：电压调节是流式细胞术中的一个关键步骤。通过调整电压，可以更好地区分阳性和阴性细胞群。在调节电压时，需要注意以下几点：样品上样应设为低速，以避免细胞堆积和堵塞。

ImageJ实用教程——StarDist批量细胞计数(案例分析篇)

1、首先，安装StarDist插件，可以参考之前的文章。接着，打开宏录制器（PlugINS - MACros - Record），记录宏以自动处理图像。选择StarDist（Plugins - StarDist - StarDist 2D）并设置参数。对于批量计数，务必在设置中启用ROI Manager。点击确定后，宏将自动记录处理过程。

2、选择Plugins StarDist StarDist 2D以启动StarDist处理。在StarDist的设置中，确保启用ROI Manager。这对于批量处理并统计细胞数量至关重要。根据需要设置其他参数，如模型选择、阈值调整等，然后点击确定开始处理。

3、打开更新页面（Help-Update...）在出现的页面中，点击Manage update sites 勾选CSBDeep和StarDist 点击Close和apply changes 重启ImageJ后，即可在Plugins - StarDist中找到该插件。StarDist目前支持两类细胞核分割：荧光标记的细胞核和HE染色的细胞核。

ImageJ实用教程——基于cellpose的不规则细胞分割(案例分析篇)_百度...

利用CellPOSe进行细胞分割 上传图像：访问Cellpose官网，上传需要分割的细胞图像，确保图像格式为PNG或JPG。设定参数：根据图像内容选择正确的分割选项，如只包含细胞质则选择“cytoPLAsm”；对于单通道图像选择“gray”；若有细胞核通道则需设置“Nuclear channel”。

利用Cellpose进行细胞分割 访问Cellpose官网并上传图像，确保图像格式为PNG或JPG。 设定分割参数，注意选择正确的选项。如果您的图像只包含细胞质，选择“cytoplasm”进行分割；对于单通道图像，不包含细胞核通道，选择“gray”作为通道；若有细胞核通道，别忘记设置“Nuclear channel”。

基于cellpose的细胞分割Cellpose利用深度学习模型可以自动填补空缺，是一种高效的细胞分割方法。具体使用方法可以参考相关教程。 基于MorphoLibJ的细胞分割MorphoLibJ是一个强大的形态学图像处理插件，可以用于细胞分割。

ImageJ提供了多种细胞计数的方法，可以根据不同的图像情况选择合适的方法。

细胞计数的核心是通过识别细胞的特定属性，如灰度值、面积、形状和颜色，将细胞与背景区分开来，进而使用ImageJ的“Analyze Particles”功能来统计细胞数量和参数。

应用实例 Cellpose细胞分割： 功能：实现网页端实时自动细胞分割，支持获取每个细胞Mask和ROI。 步骤： 打开本地图像。 转换为8bit图像。 设置Cellpose插件参数。 使用Cellpose进行分割。 保存结果到本地。